Un aspecto muy importante en las cesiones de los derechos de pago básico son cómo tribuntan cada uno de ellos. El Fondo Español de Garantía Agraria explica la situación fiscal de cada una de estas cesiones.

•  Los Derechos de Pago Básico no son un derecho de crédito (Si lo fuesen, su trasmisión estaría exenta de IVA). De modo que la venta o arrendamiento de DPB es una operación sujeta al IVA.
• Los DPB trasmitidos mediante compraventa o arrendamiento sin tierras están sujetos a IVA.
• Los Derechos cedidos (vendidos o arrendados) con tierras están exentos del IVA y tributan en base a su carácter accesorio siguiendo el mismo tratamiento fiscal que las ventas o arrendamientos de tierra, quedando gravados por el Impuesto de Trasmisiones Patrimoniales (ITP). El ITP cuenta con tipos variables fijados por cada una de las comunidades autónomas, y que podría estimarse en un tipo medio de en torno al 8%, muy inferior al 21% del IVA, si bien hay que tener en cuenta además que existen diferentes bonificaciones para explotaciones agrarias en el ITP (que pueden llegar al 90%). 

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